Noua tulpină Covid, identificată la Suceava la un pacient care a călătorit recent din Marea Britanie. Tulpina B1.1.7 a fost secvențiată la Laboratorul de Metagenomică și Biologie Moleculară al USV

Un caz cu noua variantă britanică a tulpinii SARS-CoV-2, B.1.1.7, a fost identificat la Suceava în urma secvențierilor efectuate la Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava, la un pacient care a călătorit recent din Marea Britanie, se arată într-un comunicat de presă transmis de USV. 

Varianta de coronavirus depistată inițial în Marea Britanie, B.1.1.7, și caracterizată printr-o transmisibilitate crescută a fost identificată la Suceava în urma secvențierilor efectuate la Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava. Proba biologică a fost recoltată la Spitalul județean de urgență „Sf. Ioan cel Nou” din Suceava de la un pacient cu un istoric recent în Marea Britanie.

Tulpina secventiață aparține unui lot de 20 de probe ce au fost analizate în ultima săptămână în cadrul Laboratorului de Metagenomică și Biologie Moleculară al Universității „Ștefan cel Mare” din Suceava, probe provenind de la Institutul Oncologic „Prof. Dr. Ion Chiricuţă” din Cluj-Napoca, Universitatea de Medicină și Farmacie din Craiova și Spitalul județean de urgență Suceava.

În cazul probei menționate anterior, s-a constatat că prezintă mutațiile inregistrate la nivelul a 4 proteine, si anume ORF1ab, S, ORF8 si N (Tabelul 1),. Aceste mutatii sunt caracteristice noii tulpini SARS-CoV-2, denumită varianta B1.1.7, 20I/501Y.V1 sau VOC 20201/01. Adițional, s-au mai înregistrat 11 alte mutații, distribuite in cadrul acelorași 4 gene.

Mutațiile înregistrate la tulpina secvențiată din Suceava, corespunzătoare tulpinii de referință B.1.1.7 (20I/501Y.V1):

Proteină

Mutații inregistrate

ORF1ab

Ala708Asp, Ile2230Thr, Ser3675_Phe3677 del

S

His69_Val 70 del, Tyr145del (432_434 del TTA), Asn501Tyr (N501Y), Ala570Asp, Asp614Gly, Pro681His, Thr716Ile, Ser 982Ala, Asp1118His

ORF8

Gln18* stop, Gln27* stop, Arg52Ile, Tyr73Cys

N

Asp3Leu, ArgGly203LysArg, Ser235Phe


Dintre mutațiile observate, prezintă o importanță deosebită mutația N501Y, a proteinei spike (S) responsabilă de atașarea de celulele gazdei potential infectate si care, conform studiilor, conferă o mai mare transmisibilitate a virusului. De asemenea, este prezentă mutația del69_70 HV, care poate determina rezultate echivoce (sau chiar fals-negative) la anumite tipuri de teste de diagnostic PCR. Și acest aspect poate conduce, indirect, la o rată mai mare de transmitere a virusului, datorate liberei circulații a persoanelor infectate, dar cu răspuns fals-negativ la test.

În continuare, celelalte 19 probe neasociate tulpinii britanice vor fi analizate pentru a stabili prezența mutațiilor caracteristice altor noi variante, precum cele identificate recent ca provenind din Africa de Sud și Brazilia, ce se considera a avea, de asemenea, un grad mai mare de transmisibilitate. Totodată, vor fi analizate independent toate mutațiile înregistrate în probele secvențiate, din punctul de vedere al impactului epidemiologic pe care ar putea sa-l aibă.

Secvențele obținute vor fi încărcate în bazele internaționale de date, pentru a se stabili potențialele rute de transmisie, precum și legatura cu alte tulpini, la nivel mondial. De asemenea, încărcarea secvențelor în astfel de baze de date, permite cercetătorilor din întreaga lume evaluarea mai precisă a circulației virusului pe Glob și monitorizarea acelor variante potențial mai periculoase.

La momentul actual, în principala bază internațională de secvențe SARS-CoV-2, GISAID www.gisaid.org, se află înregistrate 159 de secvente originare din România, care au satisfăcut standardele de calitate impuse pentru indexare. Dintre acestea, 62 de probe au fost secvențiate la Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava, 29 la Institutul National de Boli Infectioase „Prof. Dr. Matei Bals” din București, 27 la Institutul Național de Cercetare Dezvoltare Medico-Militară „Cantacuzino" din București și 1 la Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare pentru Microtehnologie – Bucureşti, iar alte 40 de probe recoltate de la pacienți din România au fost secvențiate în laboratoare din străinătate.

Comisia Europeană a recomandat ţărilor europene să îşi înnoiască strategiile de testare pentru a răspunde noilor tulpini și să crească urgent secvenţierea genomică cel puţin până la 5%, preferabil până la 10% din rezultatele pozitive. Aceasta ar însemna efectuarea unui număr între 5.000 și 10.000 de secvențieri pe lună în România. La Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava se pot secvenția lunar aproximativ 500 de probe, în condițiile în care sunt furnizate consumabilele necesare și este asigurată dublarea personalului specializat al laboratorului, costurile consumabilelor necesare per probă pentru tehnologia de secvențiere folosită de USV situându-se sub 1000 lei.

Menționăm că activitatea curentă de secvențiere la Universitatea „Ștefan cel Mare” din Suceava este parțial finanțat de Ministerul Educației și Cercetării prin proiectul cu numărul PN-III-P2-2.1-SOL-2020-0142 coordonat de Prof. univ .dr. Mihai COVAȘĂ, coordonarea științifică în cadrul componentelor biologică, bioinformatică și medicală fiind asigurată de Șef lucr. dr. biolog Andrei LOBIUC, Prof.univ.dr. Mihai DIMIAN și Șef lucrări dr. medic Olga Căliman-Sturdza, în strânsă colaborare cu Laboratorul de diagnostic molecular și Secția de boli infecțioase ale Spitalului județean de urgență „Sf. Ioan cel Nou” din Suceava, coordonate de Șef lucrări dr. Roxana Filip și, respectiv, dr. Monica Terteliu, instituții partenere în acest proiect fiind și Universitatea de Medicină și Farmacie „Victor Babeș” Timișoara - echipă coordonată de către prof. dr. Cătălin MARIAN, Spitalul Clinic de Boli Infecțioase și Pneumoftiziologie „Dr. Victor Babeș” Timișoara - echipă coordonată de către prof. dr. Cristian OANCEA, Institutul Oncologic „Prof. Dr. I. Chiricuță” Cluj-Napoca - echipă coordonată de către C.S. Ovidiu BĂLĂCESCU, Universitatea de Medicină și Farmacie Craiova - echipă coordonată de către prof. dr. Mihai IOANA.

Niciun comentariu

Un produs Blogger.